Las gestiones iniciadas desde su creación por el Parlamento de Andalucía para contar con una sede definitiva por fin dieron sus frutos el 28 de febrero de 1992. El pleno institucional correspondiente a esa fecha se celebró ya en su nueva sede del Hospital de las Cinco Llagas.

El edificio fue cedido por la Diputación de Sevilla y tuvo que ser sometido a intensas reformas. En 1986 se elaboran los primeros proyectos y un año más tarde se inician las obras de la primera fase, en la que se restauraron los patios de Farmacia, de San Carlos, del Recibimiento, del Alcohol y de Cobalto, fue adaptada la iglesia como salón de plenos y las salas de enfermería que la rodean como biblioteca, sala de usos múltiples y salas de comisiones. En total se recuperaron para el Parlamento de Andalucía 48.648 m² de superficie.

Durante la V y la VI legislaturas se ejecutaron diversos trabajos para la rehabilitación de los patios del Cardenal, de la Fuente y de las Flores con dos objetivos generales: la ampliación de la superficie del Parlamento de Andalucía y el traslado de la Cámara de Cuentas. Tras el salón de plenos se ubicó la sala de pasos perdidos, dispuesta como centro desde el que establecer las nuevas relaciones del conjunto. Se definieron también los accesos por el lado norte.

Después de tres años de intervenciones y la recuperación de 18.590 m², la nueva superficie rehabilitada fue inaugurada por sus majestades los reyes el día 20 de febrero de 2003.