La organización del Parlamento de Andalucía está articulada en dos clases de órganos: los órganos rectores y los órganos de funcionamiento. En el primer grupo se incluyen el presidente o presidenta, la Mesa y la Junta de Portavoces; y, en el segundo, el Pleno y las comisiones.

• La Mesa, órgano rector y de representación de la Cámara, organiza el trabajo del Parlamento y decide sobre la tramitación de iniciativas.
• La Junta de Portavoces, constituida por los portavoces de los distintos grupos parlamentarios y convocada por el presidente o presidenta de la Cámara, es oída para fijar los criterios de organización de los debates y otras tareas.
• El Pleno, órgano deliberante que ejerce la potestad legislativa, supone la máxima expresión de la voluntad del pueblo andaluz.
• Las comisiones conocen de los proyectos, proposiciones o asuntos que se le encomienden según su competencia. Pueden ser permanentes y no permanentes; estas últimas se crean para desarrollar un trabajo concreto, a menudo de investigación.

A ello hay que añadir la Diputación Permanente y los grupos de trabajo o ponencias de estudio, que se pueden constituir en el seno de las comisiones desde el Reglamento del Parlamento aprobado el día 18 de abril de 1995.

• A la Diputación Permanente le corresponde velar por los poderes de la Cámara en periodos vacacionales o tras haber expirado el mandato y hasta que se constituya el nuevo Parlamento.
• Los grupos de trabajo o ponencias de estudio se crean en las comisiones permanentes y tienen como función elaborar informes, que se debatirán en la comisión junto con los votos particulares de los grupos parlamentarios; y dictámenes que sólo se enviarán al Pleno cuando, por la importancia de los hechos que hayan motivado su creación, la comisión lo acuerde.